主要有三類：

　　1.企業所得稅的稅率優惠，高新技術企業所得稅稅率減按15%;

　　2.企業研發費用加計扣除優惠，研發費用計入當期損益未形成無形資產的，允許再按其當年研發費用實際發生額的75%，直接抵扣當年的應納稅所得額; 研發費用形成無形資產的，允許按照當年其攤銷計入損益金額的75%，直接抵扣當年的應納稅所得額;

　　3.企業所得稅的減免稅優惠，企業符合條件的技術轉讓所得，不超過500萬元的部分，免征企業所得稅;超過500萬元的部分，減半征收企業所得稅。

　二、高新技術企業管理過程存在的涉稅風險

　　涉稅風險主要有兩個來源：首先，企業自身多繳稅、早繳稅的風險;其次，稅務機關等執法部門對企業少繳稅、晚繳稅處罰的風險。高新技術企業的稅收優惠是產生涉稅風險的最主要原因。一些高新技術企業在享受國家優惠政策的同時，對相關優惠政策和明細管理辦法的把握不當，從而產生了一系列的涉稅風險?！?/p>

(一)收入、成本、費用的處理不規范，存在涉稅風險

　　會計核算不規范，未單獨設立“研發支出”賬戶不能準確劃分資本化與費用化支出的金額，按規定，如不設立專賬管理費用，費用歸集不準確，將無法享受研發費用加計扣除的所得稅優惠，存在一定涉稅風險。

　　高薪技術產品(服務)銷售收入未單獨核算。高新技術企業要求對高新技術產品的銷售收入單獨核算，如果與其他非高新技術產品銷售收入不能分開，將影響高新資格認定及復審。

　　研發費用未按項目準確歸集。

　　高新技術企業存在多個研發項目的情況下，如果把其他項目的費用分配給創新性項目，這樣就導致了高新技術企業的創新項目研發費用增加，從而增加了加計扣除的基數，產生了涉稅風險。

　　研發支出資本化不及時。

　　高新技術產品研發支出中符合資本化的部分，按規定應及時進行資本化核算，轉入無形資產分期攤銷。如果直接計入當期費用，將增加營業成本，少計利潤，存在少繳稅款的風險?！?/p>

(二)在復核和復審過程中，過分追求認定指標影響會計確認，存在涉稅風險

　　對研發人員的確認不清晰。

　　高新技術企業認定條件之一：

　　具有大學?？埔陨蠈W歷的科技人員占企業當年職工總數的30% 以上，其中研發人員占企業當年職工總數的10% 以上。忽視對其管理，造成學歷證明、用工保險、工資薪金等證明材料不完善，科研人員確認不清晰，將對高新技術企業認定和復審帶來不利影響;

　　研發費用占管理費用比重不合理。

　　高新技術企業認定條件之二：

　　企業持續進行研發活動，且近三個會計年度的研發費用總額占銷售收入總額的比例符合一定要求，根據銷售收入額度確定所占比例，銷售收入越高比例越低。部分企業為了滿足認定條件，而將非高新技術產品發生的成本費用盡可能掛靠研發費用，以擴大研發費用的歸集范圍，影響期間費用的歸集;高新技術產品銷售收入確認不規范。

　　高新技術企業認定條件之三：

　　認定年份的高新技術產品(服務)收入及其技術性收入的總和占企業當年總收入的60%以上。部分企業為了爭取客戶信任贏得市場，夸大營業規模，虛報高新技術產品(服務)收入。

　　(三)忽視高新技術企業所得稅優惠備案，存在涉稅風險

　　企業認定后忽視備案工作，則存在不能享受所得稅優惠政策的風險。

　　(四)高新技術企業資格復審不通過，存在涉稅風險

　　企業獲得高新技術企業資格證書后，每隔三年要接受復審，按復審要求提供資料。如果提供的資料不符合高新技術企業復審條件，則高新技術企業資格證書將被取消，存在補繳稅款的風險。

　　(一)加強高新技術企業項目預算管理

　　加強預算管理，分析項目的實際開支和預算開支之間的差距，這樣有助于核查高新技術企業在一個會計年度中實際發生的研發費用是否達到可以按照加計扣除的方法進行抵稅。

　　(二)規范高新技術企業研發費用的會計核算方法

　　單獨設立“研發支出”賬戶，對研發費用專賬核算，準確歸集研發費用中加計扣除項目，便于認定及復審時的指標計算，符合有關所得稅管理規定;準確歸集研發費用中加計扣除項目。

　　(三)加強后續管理

　　設立專門的部門或者人員，負責研發活動、研發費用制度化的跟蹤和落實，跟蹤落實高新認定標準，保證企業在日常管理中按認定要求操作，滿足認定條件，為研發費用加計扣除和資格復審做好準備。

　　(四)加強備案管理

　　高新技術企業要高度重視備案管理，確保備案的及時、準確、完整。

　　(五)完善企業稅務管理制度

　　建立高素質的稅務人才隊伍進行企業納稅處理;建立稅務風險管理的信息與溝通制度，適時把握政策動態，并與稅務機關保持良好的溝通;提高核算的準確性, 與研發部門密切溝通，特別關注稅法與會計的差異及其調整;要強化獨立檢查和內部審計，增強企業涉稅風險的可控性。